El museo consta de dos casas que pertenecieron a la familia Alcorta. La construcción más antigua, que recuerda el estilo colonial, data de la década de 1830. En sus interiores nos podemos encontrar con diferentes salas temáticas:

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Sala Alcorta
Imágenes, planos, retratos, instrumentos musicales relacionados con la familia Alcorta.

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Sala del Pueblo
Objetos testimoniales del pasado. Teléfonos, gramófono. Donaciones de vecinos, fotografías de comercios, edificios y plazas.

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Sala de la Pulpería
Ubicada en lo que constituyera la antigua cocina de la casa, conserva el mostrador original de la Pulpería de Paganelli, boliche de campo que estaba en el cruce de la actual ruta 5 y el río de la Reconquista.

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Sala Paso del Rey
Allí destaca la máquina a vapor del antiguo molino harinero. Hay elementos de la fábrica textil “La Industrial”,instalada en lo que fuera ese molino y piezas obtenidas luego de la remodelación de la estación de Paso del Rey.

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Sala de Culto
Pinturas, retratos y muebles que pertenecieron a la Parroquia Catedral Nuestra Señora del Rosario.

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Sala de la Soberanía

Exposición de documentos que dan testimonio de la importancia del Puente de Márquez en el siglo 19, armas antiguas y dos vitrinas destinadas a las Islas Malvinas, con uniformes, fotos y correspondencia de soldados, que estuvieron en el sur durante la guerra contra Inglaterra, en 1982.

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Sala Paleontológica
Temporalmente el Museo Amancio Alcorta alberga la muestra paleontológica del Museo de Historia Natural “Francisco Javier Muñíz” ya que luego del temporal del 2014 sus instalaciones quedaron deterioradas.